vector nti軟件10.3 免費(fèi)版【使用教程】

vector nti是一款非常專業(yè)的軟件，對(duì)各類生物元素分析，在序列對(duì)比、蛋白質(zhì)研究、基因分析等方面也是可以使用的，通過(guò)掌控?cái)?shù)據(jù)參數(shù)的方式讓分子不斷進(jìn)化，從而對(duì)未來(lái)的生物數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)測(cè)和判斷分析。

vector nti軟件安裝說(shuō)明

程序安裝結(jié)束后會(huì)在安裝目錄下生成兩個(gè)文件夾，invitrigen和vector NTI。將補(bǔ)丁文件拷貝到invitrigen文件夾下面，運(yùn)行補(bǔ)丁程序。

vector nti軟件教程

一、Vector NTI

作為Vector NTI Suite 的核心組成部分，它可以在各種分子生物學(xué)研究項(xiàng)目的全過(guò)程中提供數(shù)據(jù)組織、編輯和分析支持。

（一）對(duì)分子序列的操作

我們以一個(gè)DNA 序列為例，進(jìn)行一系列的常規(guī)分析；最后將此DNA 序列翻譯成氨基酸序列，并對(duì)此氨基酸序列進(jìn)行各種分析。

A，DNA 序列為豬生長(zhǎng)激素的cDNA序列，長(zhǎng)為761bp。首先使用Vector NTI 的Create New 命

令將此序列導(dǎo)入到Vector NTI 的數(shù)據(jù)庫(kù)中：

1，第一種方法：如果只知道序列時(shí)，點(diǎn)擊Molecule 才菜單中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）；

2，在出現(xiàn)的“New DNA/RNA Molecule”對(duì)話框中，首先在General 填入導(dǎo)入序列的名稱——PGH；

3，在DNA/RNA Molecule 活頁(yè)中，選中Linear DNA，Animal/other Eukaryotes，Replicon Type 中選Chromosome；

4，Description 中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA;

5，在Sequence and Maps 中點(diǎn)擊“Edit Sequence”按鈕，將DNA 序列復(fù)制后，點(diǎn)“Paste”按鈕-點(diǎn)“OK”－確認(rèn)后就可以完成序列導(dǎo)入。

B，如果是一個(gè)從GenBank上下載的序列文件，則：點(diǎn)擊“Molecule” 菜單-Open-Molecule files 命令，找到序列文件，在File format 中選中GenBank Files；點(diǎn)擊OK。

（二）常規(guī)操作：

當(dāng)序列導(dǎo)入完成后，在桌面出現(xiàn)三個(gè)窗口，上左側(cè)的窗口中顯示的是該序列的常規(guī)信息，上右側(cè)窗口則以圖形的格式展示序列的特征區(qū)及酶切圖譜等。下面一個(gè)窗口顯示的是序列：默認(rèn)狀態(tài)下以雙鏈形式出現(xiàn)，也可以更改為單鏈顯示。

1．選擇序列區(qū)域：在圖形區(qū)域或序列區(qū)域直接拖動(dòng)鼠標(biāo)左鍵，同時(shí)在最下端的狀態(tài)欄中顯示

出所選區(qū)域的范圍。

2．刪除：選中后直接點(diǎn)擊鍵盤上的Delete 鍵，確認(rèn)后即可刪除。

3．選中序列片段后，點(diǎn)擊Edit 菜單，用其中的命令可以完成對(duì)此片段的剪切、復(fù)制、刪除、定義為新的特征區(qū)和用其它序列來(lái)代替等。

4．當(dāng)點(diǎn)在其一特定位置時(shí)，我們也可以在此位置插入新的序列：Edit – New – Insert Sequence as

5．當(dāng)希望序列顯示單鏈時(shí)，點(diǎn)擊View – Show Both Strands

（三）常規(guī)分析：

1．設(shè)計(jì)PCR Sequence Primer, Hybridization, Probes：

選中設(shè)計(jì)引物的模板區(qū)或點(diǎn)擊Analyze 中的相應(yīng)命令即可。

需要注意的是，在設(shè)計(jì)前，首先得將序列存入數(shù)據(jù)庫(kù)中，具體設(shè)計(jì)由于我們推薦使用Oligo，所

以此處不詳述。

2．序列基本信息分析：

選中序列區(qū)段后，選Analyze –Oligo Analysis, 在Oligo Analysis 對(duì)話框中，點(diǎn)擊Analyze 按鈕，即可得到分子量、GC 含量、Tm 值、3‘端的自由能、回文結(jié)構(gòu)及重復(fù)序列等基本信息。

3．酶切圖譜分析

點(diǎn)擊Analyze 菜單中Restriction Sites 命令，出現(xiàn)“Restriction Map Setup”對(duì)話框，點(diǎn)擊Add按鈕，填入需要分析的位點(diǎn)，不需要的位點(diǎn)夜可以選中后點(diǎn)Remove 按鈕移除。為了顯示正確，我們可以設(shè)定超過(guò)一定位點(diǎn)數(shù)量的酶不顯示，可以限定分析的區(qū)域等。點(diǎn)擊OK 后程序自動(dòng)完成酶切分析。

4．Motif 查找

點(diǎn)擊Analyze 菜單中的Motifs 命令，在出現(xiàn)的Motifs Setup 對(duì)話框中我們可以添加新的Oligo 或從Oligo Database 和Oligo List 中選�。贿x中后點(diǎn)擊OK 按鈕，程序完成Motif 的查找，同時(shí)給出相似性的百分比。

5．ORF 查找

點(diǎn)擊Analyze 菜單中的ORF 命令，在出現(xiàn)的ORF Setup 對(duì)話框中，填入ORF 的最小長(zhǎng)度（多少個(gè)密碼子）以及其它一些設(shè)定后點(diǎn)擊OK，程序自動(dòng)完成ORF 的查找。

6．翻譯

翻譯前選中一個(gè)ORF 或一個(gè)區(qū)域，這里我們希望把pGHcDNA基因完全翻譯成蛋白質(zhì)，因此選中最長(zhǎng)的一個(gè)ORF（7－657bp）。點(diǎn)擊Analyze 菜單中的Translate 命令中的“Into New Protein”-“Direct Strand”,在出現(xiàn)的“New Protein Molecule”對(duì)話框中給出新蛋白質(zhì)的名稱后點(diǎn)擊確定，程序完成翻譯并打開一個(gè)新的窗口，顯示氨基酸序列。

7．反翻譯

選中氨基酸序列片斷，點(diǎn)擊Analyze 菜單中的BackTranslate命令，確認(rèn)是“整個(gè)序列”還是“僅為選中的序列”后，即可設(shè)定簡(jiǎn)并度及組織特異性來(lái)完成反翻譯。

（三）模擬電泳：

模擬電泳是指對(duì)DNA 片段進(jìn)行酶切分析后，通過(guò)電腦模擬電泳過(guò)程，將酶切片段分離。該功能

有利于評(píng)估電泳時(shí)間，便于驗(yàn)證實(shí)際電泳結(jié)果的好壞。

1．點(diǎn)擊Gel 菜單– Create New 命令：出現(xiàn)Gel Setup 對(duì)話框，首先選擇電泳介質(zhì)的類型－“Agarose Gel”，以及膠的濃度、電壓、膠長(zhǎng)和Buffer 種類。

2．點(diǎn)擊OK 后即打開一個(gè)電泳界面，左側(cè)是對(duì)電泳情況的描述，右側(cè)則為膠板。

3．首先配置一個(gè)Marker：點(diǎn)Gel 菜單– Create Gel Marker, 出現(xiàn)New Gel Marker 對(duì)話框, 首先輸入Marker 的名稱：pGH-Marker，在Gel Marker 活頁(yè)中輸入自己設(shè)定的片段，100，200，300，400，500，600，1000bp,點(diǎn)擊確定。

4．樣品制備：點(diǎn)Gel 菜單– Create Gel Sample 命令出現(xiàn)Create Gel Sample 對(duì)話框，選擇來(lái)源分子SSPGH，選中AvaI和SmaI兩個(gè)酶，輸入Sample 的名稱SSPGH- AS。此時(shí)我們可以把酶切的片段直接加入到膠上，也可以加入到樣品列表中或保存為Marker，我們點(diǎn)擊Add to Gel，則在膠上出現(xiàn)1 號(hào)樣品。

5．點(diǎn)Marker 到膠中：點(diǎn)擊第二行工具欄中的Add Marker Lane 圖標(biāo)，出現(xiàn)Choose Database Gel Marker 對(duì)話框，選中pGH - Marker，點(diǎn)擊OK，則Marker 出現(xiàn)在2 道

6．電泳：用鼠標(biāo)點(diǎn)擊右側(cè)窗口激活膠板，點(diǎn)擊第二欄工具欄中的雙箭頭，開始電泳，同時(shí)在旁邊顯示電泳時(shí)間，再次點(diǎn)擊雙箭頭，電泳停止。

7．計(jì)算兩條帶分開時(shí)間：選中沒(méi)有分開的條帶，點(diǎn)工具欄中的計(jì)算器Calculate Seperation Time，即可得到所需信息。

8．導(dǎo)出膠圖：激活膠板，點(diǎn)擊工具欄中的Camera 工具,出現(xiàn)Camera 對(duì)話框,選中需要導(dǎo)出的選項(xiàng)，結(jié)果可以到剪貼板，也可以保存成文件。到剪貼板后就可以在Word 等文檔編輯器中粘貼。

vector nti軟件功能

對(duì)齊顯示設(shè)置——Consensus Calculation Tab

一致性序列是一個(gè)理論上有代表性的核苷酸序列，其中每個(gè)核苷酸代表在同一位點(diǎn)上在同一位點(diǎn)上經(jīng)�？吹降臍埢�，或由其他標(biāo)準(zhǔn)選擇�！皩�(duì)齊設(shè)置”對(duì)話框中的“一致性計(jì)算”選項(xiàng)卡指定如何以對(duì)齊方式計(jì)算對(duì)齊窗格中作為底部序列的一致序列。

模擬電泳

模擬電泳是指對(duì)DNA片段進(jìn)行酶切分析后，通過(guò)電腦模擬電泳過(guò)程，將酶切片段分離。該功能有利于評(píng)估電泳時(shí)間，便于驗(yàn)證實(shí)際電泳結(jié)果的好壞。

分析GenomBench

genombench是Vector NTI提前的基因組項(xiàng)目的主力。genombench可以容納一個(gè)堿基的基因組片段，可以檢索從兼容的系統(tǒng)兼容的服務(wù)器上的數(shù)據(jù)，例如UCSC和Ensembl。它提供了瀏覽和查詢這些網(wǎng)站使用關(guān)鍵詞，界面兩側(cè)標(biāo)記，BLAT(UCSC數(shù)據(jù)庫(kù))或SSAHA(的)。genombench還提供以下先進(jìn)的搜索和分析工具，它是運(yùn)行在分析監(jiān)控

以點(diǎn)擊作為特征輸出查詢分子

當(dāng)您導(dǎo)出查詢顯示為特征的分子打成。GFF文件，使用點(diǎn)擊功能GFF文件命令導(dǎo)出查詢分子保存。GFF文件到外部位置(硬盤、軟盤、網(wǎng)絡(luò)等)。你可以打開一個(gè)。在一個(gè)Vector NTI分子視窗GFF文件并將其保存到Vector NTI數(shù)據(jù)庫(kù)，如果需要的話。。GFF文件提供一個(gè)共享查詢爆破方法打信息與其他Vector NTI用戶分子格式。

對(duì)分子序列的操作

我們以一個(gè)DNA序列為例，進(jìn)行一系列的常規(guī)分析;最后將此DNA序列翻譯成氨基酸序列，并對(duì)此氨基酸序列進(jìn)行各種分析。